DOCKING MENGGUNAKAN CHIMERA, PYRINX, PYMOL

MOLECULAR DOCKING

Fajar Kholikul  Amri

Farmasi Universitas Muhamadiyah Surakarta

Abstrak

Molekular docking merupakan alat bantu dalam struktural biologi molekular dan dalam mendesain obat dengan bantuan komputer. Tujuan dari docking ligan-protein adalah untuk meperkirakan binding mode yang paling utama dari ligan dengan protein yang diketahui mempunyai tiga struktur dimensional. Angiotensn converting enzyme dilaporkan mempunyai peranan dalam endokrin renin angiotensin system. ACE inhibitor banyak digunakan sebagai obat kardiovaskular, tekanan darah tinggi, gagal jantung, penyakit arteri koroner dan gagal ginjal. Molecular docking dilakukan untuk meningkatkan dan mendesain struktur baru ACE yang lebih poten dalam menginhibis, juga berfungsi sebagai penemuan obat antihipertensi yang teribaru. Digunakan protein 1UZF dari obat captopril, kemudian diambil ligan MCO (1-(3-Mercapto-2-Methyl-Propionyl)-Pyrrolidine- 2-Carboxylic Acid) dan receptornya menggunakan aplikasi chimera. Dari hasil docking didapatkan file berformat (pdbq) yang akan digunakan untuk docking tahap selanjutnya menggunakan aplikasi pymol. Docking molekular dilakukan menggunakan Laptop  Toshiba model satelite L740, processor Intel(R) Core TTM) i3, memory Ram 2048 Mb, dengan menggunakan OS windows 7 32bit.

Kata kunci : Inhibitor, molecular Docking, Angiotensin converting enzyme, ligan, receptor

Abstract

Molecular docking is an invaluable tool in structural molecular biology and in computer-assisted drug design. The purpose of the ligand-protein docking is to estimate the binding mode of the most important of the ligand to a protein known to have three-dimensional structures. Angiotensn converting enzyme is reported to have a role in the endocrine renin-angiotensin system. ACE inhibitors are widely used as cardiovascular drugs, high blood pressure, heart failure, coronary artery disease and renal failure. Molecular docking is done to enhance and designing a new structure is more potent ACE menginhibis, also serves as an antihypertensive drug discovery teribaru. Use of the drug captopril 1UZF protein, then taken MCO ligand (1 - (3-Mercapto-2-Methyl-Propionyl)-Pyrrolidine-2-Carboxylic Acid) and receptornya using chimera applications. From the docking results obtained formatted files (pdbq) which will be used for docking the next stage using PyMOL application. Molecular docking was performed using the model Toshiba satellite L740 Laptop, Intel (R) Core TTM) i3, 2048 Mb RAM memory, using windows 7 32bit OS.

Keywords: Inhibitor, molecular docking, angiotensin converting enzyme, ligand, receptor

untuk dapatkan full text silahkan download disini http://adf.ly/sp9Ng